现代中药发酵方法与技术是主要将发酵工程等现代生物技术应用于传统中药的研究。从科学的角度探索发酵炮制的工艺及其机制，为典型的生物转化过程。目前，中药发酵技术按照发酵形式可分为液体发酵和固体发酵两大类。中药发酵是将具有药食同源性的中药材进行萃取提纯，而后与作为菌种的优选益生菌菌群进行厌氧发酵，在一定的环境条件下（如温度、湿度、空气、水分等），对提取的中药有效成分进行生物学转化，将中药的大分子物质，经过微生物转化，成为能够被人体肠道直接吸收的小分子成分，使中药药效能够快速被吸收的新型药物。发酵法是指经净制或处理后的药物，在一定的温度和湿度条件下，通过霉菌和酶的作用，使药物发泡、生衣的方法。传统中药发酵最佳适宜温度在30~37℃，相对湿度70%~80%，在此条件下，适合大多数霉菌、酵母菌等的生长繁殖。

现代中药的固体发酵炮制采用了现代生物技术，在整个发酵炮制过程中可以较好地控制参与发酵的菌种的种类和数量，同时对温度、湿度、酸碱度、通气等也能较好地实现动态控制，因而通过现代固体发酵炮制的中药其质量的稳定性得以较大的提高。

在抗生素工业发展起来后，逐渐将液体发酵应用到中药的发酵炮制中，开启了对液体发酵炮制中药的研究。由于液体发酵较固体发酵具有更高的物质传递效率，也易于实现发酵炮制工艺的自动化控制，从而保证发酵炮制后中药质量的稳定性，所以此项工艺未来发展空间巨大。如今，现代中药的发酵工程和酶工程已被列为国家科技部“十五发展规划”中的重要项目之一，而中药发酵就是实现中药现代化的捷径和必经之路。可以说发酵中药是益生菌与中药强强联合，它在保健、防病治病的效果上显然是传统中药煎、煮、熬、炼、蒸、浸等手法不能比拟的，这就是发酵中药神奇之处，如今利用益生菌发酵中药是现代中药研究的热点，并引起了学术界的广泛关注，有着广阔的发展前景。